Formalmente instituída em 1969, a CCDR-N (então designada por Comissão de Planeamento Regional) assumiu a missão de promover a articulação das políticas públicas setoriais com uma visão territorial do desenvolvimento.

Numa primeira fase, e até 1974, o desempenho dessa missão inovadora caracterizar-se-á por uma dimensão consultiva e de acompanhamento dos planos de desenvolvimento regional. A existência e consolidação da administração local passou então a constituir um outro objetivo decisivo, em função da qual a atualmente designada CCDR-N orientou a sua ação, em particular no apoio técnico às autarquias locais. É nesse contexto que surgem os Gabinete de Apoio Técnico, cuja instituição formal ocorre em 1979. Precisamente nesse ano, as CPR passam a designar-se Comissões de Coordenação Regional (CCR) e são definidas as atuais cinco áreas de intervenção geográfica.

A adesão de Portugal à atual União Europeia, em 1986, marcou profundamente a vida da CCDR-N. Nesse ano, conheceu novas valências de atuação no contexto geral da coordenação das medidas de interesse para o desenvolvimento. É o caso das competências de ambiente e ordenamento do território, entretanto transferidas para a Direção Regional de Ambiente e Ordenamento do Território do Norte (DRAOT-N), da gestão de programas financeiros nacionais e comunitários e da cooperação.

Em 2003, num ato que é considerado "refundador” das Comissões de Coordenação, a Comissão de Coordenação da Região Norte (CCRN) e a DRAOT-N fundem-se, dando origem à CCDR-N.

Já em 2007, e no âmbito do Programa de Reestruturação da Administração Central do Estado, foram publicados novos diplomas legais de enquadramento e definição das atribuições e competências da CCDR-N, enquanto organismo desconcentrado do Ministério do Ambiente, do Ordenamento do Território e do Desenvolvimento Regional.

Como resultado da sua aplicação, a CCDR-N integrou o Conselho de Coordenação Intersectorial, um novo órgão destinado a promover a coordenação das políticas da administração central, à escala da região, e a dinamizar a articulação dos serviços públicos desconcentrados. Por outro lado, foram transferidas as competências exercidas sobre o domínio hídrico e determinada a extinção dos Gabinetes de Apoio Técnico.

Quadro de Presidentes

29.10.2020 até ao presente - António Cunha
05.07.2016 a 29.10.2020 - Fernando Freire de Sousa
01.08.2013 a 30.06.2016 - Emídio Gomes
15.02.2013 a 31.07.2013 - Carlos Neves (em substituição)
20.02.2012 a 14.02.2013 - Duarte Vieira
01.02.2012 a 20.02.2012 - Paulo Gomes (em exercício)
05.09.2005 a 31.01.2012 - Carlos Cardoso Lage
06.10.2004 a 04.09.2005 - João Eduardo Moura de Sá
21.05.2004 a 05.10.2004 - António Jorge Guedes Marques (em substituição)
01.10.2003 a 21.05.2004 - Arlindo Marques Cunha
10.01.2003 a 30.09.2003 - Cristina de Azevedo (em substituição)
29.10.2001 a 09.01.2003 - Isabel Cardoso Ayres
08.05.1996 a 22.10.2001 - Luís Braga da Cruz
06.02.1995 a 07.05.1996 - José Silva Peneda
19.02.1986 a 05.02.1995 - Luís Braga da Cruz
07.11.1985 a 18.02.1986 - Armando Pereira (em substituição)
07.09.1979 a 06.11.1985 - Luís Valente de Oliveira
29.02.1972 a 05.05.1975 - António Eduardo Carneiro
07.06.1971 a 29.10.1971 - João Mota Pereira Campos